Die Krankenkassen sind rechtsfähige Körperschaften des öffentlichen Rechts mit Selbstverwaltung und in Verbänden organisiert. Im Rahmen der Selbstverwaltung gestalten Versicherte und ihre Arbeitgeber (bei den Ersatzkassen nur Versichertenvertreter) die Politik der Krankenkasse über gemeinsam gebildete Verwaltungsräte aktiv mit.
Alle Krankenkassen sind im GKV-Spitzenverband organisiert. Er nimmt seit dem 1. Juli 2008 diejenigen gemeinsamen und einheitlichen Aufgaben wahr, die ihm übertragen sind.
Die gesetzlichen Krankenkassen sind wie alle Träger der Sozialversicherung Selbstverwaltungskörperschaften des öffentlichen Rechts. Das bedeutet, dass die Krankenkassen die ihnen staatlich zugewiesenen Aufgaben unter staatlicher Aufsicht organisatorisch und finanziell selbstständig durchführen. Als Organe der Selbstverwaltung gibt es den Verwaltungsrat und den Vorstand bei Orts-, Betriebs-, Innungs- und Ersatzkassen. Der Verwaltungsrat ist in der Regel paritätisch mit Vertretern der Versicherten und der Arbeitgeber besetzt. Im Einzelnen sieht die Organisation wie folgt aus:
Die Vertreter des Verwaltungsrats werden von den Versicherten und den Arbeitgebern alle sechs Jahre in geheimer Wahl gewählt. Der Verwaltungsrat stellt den Haushaltsplan fest, beschließt die Satzung der Krankenkassen und wählt und kontrolliert den Vorstand.
Die Sozialversicherungswahlen bilden das demokratische Kernstück der Sozialversicherung. Sie finden alle sechs Jahre statt, sind frei und geheim. Versicherte und Arbeitgeber wählen die Vertreter ihrer Gruppe getrennt aufgrund von Vorschlagslisten nach den Grundsätzen der Verhältniswahl. Bei den Ersatzkassen allerdings werden die Selbstverwaltungsgremien ausschließlich aus Vertretern der Versicherten gebildet.
Der Verwaltungsrat wählt die Mitglieder des Vorstands. Der hauptamtliche Vorstand leitet das laufende Geschäft der Krankenversicherung.
Die gesetzliche Krankenversicherung ist die älteste Sparte der Sozialversicherung. Gesetzliche Grundlagen sind im Fünften Buch des Sozialgesetzbuches, im Gesetz über die Krankenversicherung der Landwirte und der Reichsversicherungsordnung zu finden.